Historie muzea

První pokus iniciovala zlínská radnice, ale neúspěšně.

Ve 30. letech 20. století se snahy o založení muzea obnovily a vzniklo Museum města Zlína. Jeho existence však zůstávala více méně na papíře a sbírky byly odkázány na dobrovolnou péči.

Na základě ujednání s vedením Baťových závodů byla městským sbírkám vyčleněna jedna etáž v Památníku T. Bati. Městské muzeum bylo otevřeno 13. 2. 1944.

V listopadu 1946 byly městské sbírky převezeny z Památníku poškozeného náletem do zámku Lešná a byly obohaceny o část sbírek hrabat Seilernů, bývalých majitelů Lešné.

V letech 1951-52 byla část sbírek převezena do malenovického hradu. V září 1952 převzalo muzeum podle dohody mezi KNV Gottwaldov a n. p. Svit přírodovědné sbírky a sbírky obuvi z bývalého Studijního ústavu a Památníku T. Bati. Baťovské sbírky byly shromažďovány z iniciativy firmy už od počátku 30. let, nejprve kolekce historické a exotické obuvi, později sbírky přírodovědné a další.

V lednu 1953 bylo ustaveno Krajské muzeum, které zastřešilo dosavadní sbírkotvornou činnost městského muzea a firmy Baťa. Zpočátku bylo umístěno na hradě v Malenovicích, v r. 1955 se přestěhovalo do Lešné a od r. 1958 se stal jeho sídlem zlínský zámek. V r. 1958 bylo spojeno s krajskou galerií v jednu instituci s názvem Krajský vlastivědný ústav. 

Po zrušení gottwaldovského kraje v r. 1960 došlo k reorganizaci a změně názvu na Oblastní muzeum a galerie v Gottwaldově. V r. 1961 se galerie opět osamostatnila a muzeum rozšířilo svůj název na Oblastní muzeum jihovýchodní Moravy v Gottwaldově.

V r. 1990 v souvislosti s navrácením původního jména městu dochází k přejmenování na Muzeum jihovýchodní Moravy ve Zlíně.

V roce 2013 otevřelo muzeum nové expozice ve zrekonstruované 14. budově bývalé obuvnické továrny. Zde našlo také své zázemí pro kanceláře, knihovnu, studovnu a některé depozitáře. Spolu s Krajskou knihovnou Františka bartoše a Krajskou galerií výtvarného umění vytvořilo kulturní centrum 14|15 BAŤŮV INSTITUT.